因為水中的氨氮以未解離分子態的氨(NH3)和解離離子態的銨(NH4+)，這兩種形式存在，其中以氨(NH3)對水生動物較具毒性，而銨(NH4+)則除非在相當高的濃度下，否則無害。
NH3和NH4+在水中存在的比率，與水溫及pH值有很大的關係。當pH值上升一個單位時，在同樣的溫度下，氨（NH3）的比率將增加10倍。即鹼性越高，氨(NH3)的含量比例越高。而溫度也會改變氨（NH3）的比率，當水溫上升10℃時，水中氨(NH3)的含量比率也會加倍。
NH3 + H2O ←→ NH4+ + OH-
這正是冬季時，千萬不可因為氣溫過低，貿然提升水溫的原因，因為這樣很可能會讓水中的銨(NH4+)轉變成氨(NH3)，造成魚兒們的緊迫。
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| 高嘉宏大哥提供的魚菜共生課程的教案內容 |
a.是氨經過血液由鰓擴散於水中；
b.體內NH4+與水中Na+的交換運輸；
c.轉換成無毒的含氮化合物，如尿素後排出體外。
水中氨氮濃度過高將對水生動物產生不好的影響：
(一)排氨困難：因為水中累積高濃度的氨（NH3），使得魚兒血液中的氨（NH3），無法經由鰓擴散於水中，當水生動物感到排氨困難時，第一個反應是減少或中止攝餌，以減少氨的代謝產量，生長也因此減緩。
(二)改變血液的pH值：NH3在血液中立即轉變為NH4並放出OH-，使血液的pH值上升，嚴重的影響酵素的催化作用及細胞的穩定性。
(三)影響魚兒的氧氣交換的能力：氨會損害魚兒的鰓，減少鰓的表面積，降低氧氣交換的效能，同時也會使造血組織及紅血球產生病變，並進一步降低血液的攜氧能力。
(四)造成病變：對組織的影響高濃度的氨氮，會引起許多魚種的腎、肝、脾、甲狀腺及造血組織等在組織學上的病變。雖然這些病變的顯著性很難評估，但是可以確定的是，魚兒如果長期暴露在高濃度氨之下，其存活力必定會下降。
氨為劇毒物，在低濃度（<0.05ppm）時，會使魚活力減弱，食慾降低。在高濃度（>0.5ppm），則會造成急性中毒，導致魚兒死亡。
處理方法：氨中毒是無法治癒的，換水來移除水中的氨，為最快速有效的處理方法。
冬季因為氣溫下降，硝化菌會因為低溫進入休眠，減少硝化反應，水體因為硝酸鹽的供給下降，相對提高pH，水質會更偏鹼性。
氨氮也會因為沒有硝化作用的幫助，而累積濃度。這時候我們一旦監測到氨氮上升，最快的處理就是為魚菜系統換水，換水的頻率大約每週換掉系統水量的1/3，補注新水時需避免溫度與酸鹼值的劇烈震盪。
若不適合換水，但是氨氮又飆升，這時候可以使用吸氨沸石或是活性炭這類化學過濾的方式，有效降低系統中的氨氮。另外也可利用曝氣稀釋、植物吸收、打氣等方式來減少氨在水中的含量。
